L’edificio fu variamente rimaneggiato dal vescovo Vanga, dal vescovo Egnone, da Giovanni IV di Hinderbach. Nel 1553 il Cardinale Cristoforo Madruzzo cedette la parte verso la Torre al Monte di Pietà il quale, a sua volta subaffittò il secondo piano ai Consoli della città e al Collegio dei Dottori. Parte del palazzo fu sede della Corte di Giustizia e del Pretore: nella vicina Torre (ma anche nel Palazzo stesso) c'erano le prigioni civiche. Il Tribunale si riuniva nel “salone posto sopra il Monte Santo”, come appare da un'ordinanza riguardante le udienze dei giudici di Trento emanata dal cardinale Carlo Gaudenzio Madruzzo. Nel 1620 i “collegiati” chiesero ai consoli della città una contribuzione “per dipingere nel Salone del Pretorio l'immagine della Beata Vergine Maria con Bambin Gesù e li quattro Avvocati di questa città cioè San Vigilio, San Simone, San Lorenzo e S. Menenza”.
Attualmente, il Palazzo ospita il Museo Diocesano Tridentino.