La chiesa, di tipico stampo barocco, si caratterizza per decorazioni pittoriche di Solimena, Vaccaro, Luca Giordano, Ribera e per gli interventi architettonici e scultorei dello stesso Fanzago; notevoli sono il coro, le cappelle laterali e la sala del tesoro.
Esempio splendido d’arte napoletana seicentesca è il Chiostro Grande, caratterizzato da colonne d’ordine dorico-toscano, dal piccolo cimitero dei monaci certosini, dalle statue del loggiato, dai busti dei santi certosini sui portali, dal finto pozzo nel centro e da numerosi alberi da frutto. Un chiostro più piccolo, detto Chiostro dei Procuratori, costituisce la via d’accesso ai giardini e alle sale del Museo Nazionale; presenta le stesse proporzioni del Chiostro Grande, ed ha al centro un pozzo, opera di Felice de Felice. L'appartamento del Priore fu decorato da celebri pittori napoletani, e dotato di un bel pavimento in cotto e maiolica, tuttora visibile. Il monastero fu soppresso nel 1806 dai francesi, e all'abbandono dei certosini le opere lì custodite furono acquisite dallo Stato. Oggi la Certosa ospita il Museo Nazionale di San Martino, dedicato alla storia cittadina e con un’ampia e spettacolare esposizione di presepi della scuola napoletana.