La facciata riflette i canoni classici dell'architettura gotico-monastica lombarda (alta facciata in cotto, tripartita da contrafforti a semicolonna e coronata da una loggia). Il campanile è posteriore (1461) ed è alleggerito da eleganti bifore.
L'interno è di grandi dimensioni (71,9 metri di lunghezza e 21 di larghezza), ha pianta basilicale ed è diviso in tre navate scandite da pilastri. A partire dal 1399, furono aggiunte le cappelle della navata destra.
La Chiesa è ricca di affreschi e conserva alcune notevoli opere pittoriche, tra cui: nella cappella Cavalcabò (terza di destra) un ciclo di affreschi mariani di gusto tardo gotico attribuito a Bonifacio Bembo; cospicui anche i ritratti di Bianca Maria Visconti e di Francesco Sforza; nel quinto altare spicca una bella pala del Perugino raffigurante Madonna in trono tra i Santi Giacomo e Agostino (1494).