La torre di San Pancrazio, che faceva parte del sistema fortificato pisano, fu eretta sul punto più alto del colle. Costruita in bianco calcare estratto dal colle di Bonaria, presenta sottili feritoie nei tre lati chiusi che hanno uno spessore di ben tre metri. Il quarto lato è aperto verso l'interno del Castello e mostra i ballatoi in legno situati sui quattro piani della torre. Era dotata di tre portoni e due saracinesche, e protetta da una muraglia barbacane e da un fossato. La torre si eleva oltre i 36 metri di altezza.
L'edificio nel corso dei secoli è stato variamente utilizzato. Nel 1328 gli Aragonesi ne fecero murare il lato aperto e la adibirono ad abitazione e a magazzino. In seguito, fu utilizzata come carcere. La Torre di San Pancrazio, come la Torre dell'Elefante, si è conservata in ottime condizioni. Agli inizi del Novecento sono stati eseguiti lavori di restauro che le hanno ridato l’aspetto originario. In particolare, sono stati rafforzati i ballatoi in legno, che permettono l'accesso ai vari piani da cui si può godere una splendida panoramica della città.