L’interno è dominato dal famosissimo altare ligneo – a scrigno e portelle intagliate, con al centro la Natività – opera cinquecentesca di Hans Klocker: è una delle più insigni opere d'arte gotica conservate in città. Sulle bianche pareti della chiesa spicca uno dei pochi affreschi rimasti. Risale al Cinquecento ed è una rarità: rappresenta un’università racchiusa in una chiesa.
Dal lato sinistro si accede al chiostro, costruito nei primi del 1300 e ornato da un prezioso ciclo di affreschi di scuola giottesca (1330-1340). Di particolare interesse è la cappella di Sant'Erardo, che secondo la tradizione fu visitata dal giovane San Francesco insieme al padre. La cappella contiene un ciclo di affreschi protogotici (XIV secolo). Si notano sedici figure maschili in abito talare nero, che rappresentano austeri docenti francescani delle prime e più famose università moderne; Londra, Oxford, Parigi, Napoli, Heidelberg. I gesti delle mani e il movimento dei piedi esprimono l'impegno profuso dai professori nella discussione, presumibilmente teologica e assai profonda. Ciascuna figura è contraddistinta da un titolo onorifico.