La chiesa, già intitolata a S. Girolamo degli Scalzi, fu ricostruita dall’ordine dei Carmelitani Scalzi. Forse su progetto del veneziano Giorgio Massari, i lavori ebbero inizio nel 1720 e si conclusero nel 1727, quando la nuova chiesa fu consacrata. Con la ristrutturazione napoleonica, la parrocchia di San Marco fu trasferita nella chiesa di San Girolamo agli Scalzi e la chiesa prese il nome della parrocchia.
Dell’antico complesso, l’unica costruzione rimasta è il campanile. Nel 1756 l'architetto Carlo Corbellini eresse la monumentale facciata su doppio ordine, di chiara ispirazione barocca: è stato notato che essa perde molto della sua funzionalità essendo murato il grande finestrone centrale che darebbe maggior luce alla navata.
L'interno è di grande respiro, a navata unica, con quattro alte cappelle laterali; altre due cappelle si aprono nell'ampio presbiterio. Alcuni tra i dipinti conservati sono: S. Giovanni della Croce, di Costantino Pasqualotto; L'estasi di Santa Teresa di Sebastiano Ricci (1725); San Girolamo in gloria di Antonio de' Pieri; San Pietro, San Carlo Borromeo con la S.S. Trinità e Gesù deposto dalla croce tra la Madonna e i Santi Giovanni e Nicolò di Alessandro Maganza; e una rarissima opera di G.B. Maganza il Vecchio che ritrae San Girolamo penitente.
