In origine l’Orto Botanico di Urbino era un grande orto comunicante con il convento di San Francesco. Nel 1806-1808, su progetto di Giovanni Brignole, l'orto fu trasformato dal Comune in Orto Botanico a beneficio della Libera Università. Oggi, l’Orto è annesso alla Facoltà di Scienze Chimiche Fisiche e Naturali dell'Università, comprende circa 2300 specie di piante italiane ed estere ed è suddiviso in tre terrazzamenti. Nel primo di questi sono poste a dimora le specie che richiedono protezione dal freddo. Negli altri due terrazzamenti, disposti ad aiuola, le piante sono divise per famiglia, ossia disposte in modo sistematico. Gran parte del terrapieno prospetta sulla piazzetta di Sant'Andrea. La palazzina d’ingresso, costruita nel 1876, è opera di Vincenzo Ghinelli, l’architetto che disegnò il Teatro Sanzio e i portici di Via Garibaldi.
Oltre a svolgere le attività istituzionali, l’Orto Botanico tiene corsi di erboristeria.
