La chiesa attuale sorge sull’area della cappella dell'Annunziata, eretta nel 1389 fuori dalla cinta muraria, in zona cimiteriale romana. Una lapide rivela che la cappella primitiva - oggi incorporata nella chiesa - fu costruita per iniziativa di Elena di Paula, e che fu dedicata all’Annunziata, perché conteneva un affresco del Tre-Quattrocento, L’Annunciazione. Quest’opera è attribuita da alcuni ad Ottaviano Nelli, da altri ad Antonio Alberti. Dopo alterne vicende, nel 1577 fu fondata in questa chiesa la Compagnia dell'Annunziata di fuori, che vi restò fino al 1595 e s’incaricò - tra l’altro - di seppellire i defunti: fu quindi chiamata la Compagnia della Morte.
Verso il 1581, la cappella fu variamente decorata. Sulla parete di fondo campeggia il citato affresco dell’Annunciazione, ma vi furono aggiunti stucchi di Ottaviano Viviani, grottesche di Giulio Virgili ed opere di F. Bellini, A. Purini, F. Balzelli, R. Ardovicchi, A. Viviani e C. Ventura.
