Il museo è diviso in quattro sezioni di educazione e informazione sui principali temi ambientali: le tre aree principali occupano ognuna un piano dell'edificio di Corso Umbria. Al piano terra l'energia e i trasporti, al primo piano i rifiuti e al secondo piano (e nel giardino del museo) l'acqua. Una quarta sezione occupa la tensostruttura - "il guscio"- accanto all'edificio principale, in cui trovano spazio iniziative temporanee sui temi del museo, giochi che ricompongono i temi scomposti nei vari piani, con particolare attenzione alla loro dimensione economica e sociale. Il museo “A come Ambiente” si rivolge principalmente alle scuole e alle famiglie, ma anche al pubblico generico di qualunque età, nello sforzo di creare una cultura ambientale condivisa e diffusa, nuovi comportamenti individuali e collettivi nel rispetto della natura. L’interattività è la caratteristica principale del museo e si basa sulle esperienze più interessanti dei musei dei bambini e dei science center: centrali sono decine e decine di exhibit interattivi, macchine da toccare e interrogare lungo il percorso tematico, studiati da progettisti specializzati, che permettono al pubblico di interagire con il museo. L’allestimento di “A come Ambiente” è arricchito dalle opere di artisti italiani di fama internazionale.
