Il nuovo Museo è situato in alcuni locali presso l'Oratorio di San Bernardino, completamente restaurati per l’occasione alla fine del Novecento. Luogo caratterizzato da un’atmosfera rarefatta e sospesa, il Museo costituisce un punto di riferimento essenziale per la storia dell'arte sacra del territorio.
Vi si possono ammirare: tavole del Due-Trecento, dipinte da Maestro di Tressa, Segna di Bonaventura, Bartolomeo Bulgarini, Luca di Tommè, Andrea Vanni e Taddeo di Bartolo; alcuni affreschi, provenienti dalla Basilica di S. Francesco, di Pietro e Ambrogio Lorenzetti, fra cui primeggia la meravigliosa Madonna del Latte; nella duplice versione di affresco e di scultura lignea, si può ammirare il Cristo in Pietà, del Vecchietta. Seguono varie opere del Cinque-Seicento, comprendenti in particolare: il Cristo Portacroce del Beccafumi, piccole tavole del Sodoma e del Riccio e alcune opere di Ventura Salimbeni e Bernardino Mei. Infine è esposta una serie di sculture tra cui quelle di Domenico di Niccolò dei Cori e di Antonio Federighi, ed una ricca collezione di oggetti d’oreficeria.
Cuore del Museo è - da sempre - l'antica sala rettangolare dell'Oratorio Superiore, con soffitto a cassettoni con teste di cherubini su fondo azzurro: le pareti, interamente affrescate con le Storie della Vergine, offrono un mirabile esempio della pittura senese del primo quarto del Cinquecento rappresentata qui dai suoi protagonisti Girolamo del Pacchia, Sodoma e Beccafumi.
