Le origini di questa chiesa sono circondate da fatti miracolosi e leggendari. Tradizione vuole che, nel 1286, un pastorello, che attendeva al gregge sul Colle di Covignano, abbia scolpito una Madonna sul tronco di un albero, senza però riuscire a finirne il volto; vi rimediarono gli angeli. Il simulacro così prodigiosamente finito prese la via del mare ed approdò a Venezia, dove ancora è venerato nella chiesa di San Marziale come "Madonna di Rimini". Sul colle di Covignano fu costruita una cappella e poi una chiesa (1391), col titolo di Madonna delle Grazie. Questa chiesa fu ampliata nel XVI secolo. Il santuario e l’annesso convento sono stati molto danneggiati durante l'ultima guerra.
Il piccolo chiostro conserva il candore e il calore dl tutte le semplici architetture francescane. La chiesa, che si presenta con una sua quieta bellezza, custodisce notevoli opere d'arte ed un’interessante serie di tavolette votive. Della costruzione primitiva una rilevante reliquia è costituita dalla facciata, sotto il portico secentesco, con un bel portale gotico affiancato da frammenti di affreschi. All’interno, sopra l'altare maggIore, spicca una pregevolissima Annunciazione, opera quattrocentesca del pittore umbro Ottavlano Nelli. Fino ad epoca recente, il dipinto era attribuita a Giotto, che per i Francescani dl Rimini ha effettivamente lavorato, ma all'inizio del Trecento.