Il Museo della Città costituisce un tassello importante della memoria storica cittadina, quale punto di riferimento indispensabile nella ricostruzione della cultura e dell’arte figurativa. Dal 1990 ha sede nel settecentesco Collegio dei Gesuiti, e si compone di più di 40 sale in cui sono distribuite circa 1500 opere, testimonianze del patrimonio locale raccolte da scavi, chiese e edifici cittadini, a partire dal XVI secolo. La struttura museale si divide in più parti:
Pinacoteca. Qui si possono ammirare dipinti, sculture e ceramiche, arazzi e oreficerie, l'imponente affresco con il Giudizio Universale proveniente dalla chiesa di S. Agostino, i capolavori della Scuola Riminese del Trecento, il raffinato Crocifisso di Giovanni da Rimini e il prezioso polittico di Giuliano da Rimini, vasellame e boccali decorati con stemmi malatestiani, preziose tavole dell'età d'oro della signoria dei Malatesta commissionate ad artisti di grande fama quali: il Bellini, il Ghirlandaio, Agostino di Duccio, Pisanello e Matteo de' Pasti, G. Cagnacci, il Centino, il Guercino e S. Cantarini.
Lapidario romano. Il cortile interno ospita il Lapidario romano con un'ampia raccolta di iscrizioni dal I sec. a.C al IV d.C., monumenti sepolcrali provenienti dalle necropoli distribuite lungo le vie d'accesso alla città, iscrizioni che testimoniano interventi pubblici, quali il riassetto delle mura e la lastricatura delle strade cittadine, espressione del culto e della devozione, documenti sull'organizzazione sociale e familiare.
Spazio permanente. Uno spazio permanente è dedicato alla splendida produzione grafica di Renè Gruau, artista riminese che per oltre 70 anni ha operato nel campo dell'illustrazione di moda.
Museo archeologico. Recentemente è stata aperta la prima sezione, dedicata alla Rimini imperiale del II e III secolo, con particolare risalto alla Domus di Palazzo Diotallevi, celebre per il mosaico delle barche, e alla Domus di piazza Ferrari, nota per il ricchissimo strumentario medico-chirurgico romano. Il progetto del museo archeologico prevede l’apertura entro pochi anni di altre sezioni che consentiranno di ripercorrere le tappe del popolamento del territorio a partire da 800.000 anni fa.