La cappella dedicata alla vergine Agata - martirizzata a Catania nel III secolo - si trova in Via San Paolo ed è collegata nel suo sorgere alla adiacente chiesa di San Paolo a Ripa d’Arno, il monastero vallombrosano che entro la cerchia muraria del XII secolo occupava la zona limitare d’oltrarno. La prima attestazione scritta dell’esistenza della cappella risale al 1132. L’edificio nasce infatti come sala capitolare del monastero di San Paolo a Ripa d Arno e forse anche a questa funzione di luogo destinato a riunioni ed adunanze si deve la scelta della pianta centrale ottagona, soluzione peraltro che si ritrova in altri edifici pisani.
La Cappella è tutta costruita in mattoni, salvo un basamento costituito da robuste pietre. Le otto facce sono intervallate da pilastri angolari aggettanti e scandite da un’arcata cieca a tutto sesto che si imposta ad una cornice continua modanata. Nel lato ovest si apre il portale anch’esso costituito da un semplice arco a pieno centro; gli altri sette fianchi prendono luce ciascuno da una trifora al di sopra della quale si apre un oculo; le due colonnine della finestra sono scolpite in candida pietra calcarea. La copertura dell’edificio è a cuspide, una piramide a otto spicchi che si innesta direttamente sulla costruzione poligonale Appena sotto il tetto corre un fregio ad archetti pensili.
L’interno è assai spoglio e risente dei restauri recenti: le pareti sono in mattoni a vista tranne alcune porzioni oggi in cemento e ripetono l’articolazione in arcate cieche. Pochissime sono le notizie riguardanti questa cappella la cui vicenda non è infatti agevole ricostruire con sicurezza. Di certo si sa che dal 1565 alla soppressione del 1866 Sant’Agata fu retta dalle monache del limitrofo convento di San Benedetto, sorto lungo la sponda dell’Arno nel 1393 e che andò ad inglobare con i suoi annessi la stessa cappella celandola quindi alla vista. L’attuale posizione isolata si deve infatti ai bombardamenti dell’ultimo conflitto mondiale che danneggiarono gravemente i tre edifici ecclesiastici ubicati in quella zona Un radicale restauro della cappella è stato condotto dalla Soprintendenza di Pisa nel 1967-68 soprattutto per sanare i gravi danni causati dall’alluvione del 1966.
