Le prime notizie sulla fondazione dell’Orto botanico a Perugia risalgono al 1768, e al botanico Annibale Mariotti. Verso la metà del XVI secolo anche a Perugia si sentì la necessità di avere a disposizione un’area in cui coltivare, collezionare e studiare le specie vegetali. L’Orto del 1768 giaceva, pensile, sul terrapieno a ridosso le mura della città tra Porta Sole e Porta Pesa ed era costituito da un appezzamento di terreno in cui venivano coltivate specie medicinali da utilizzare nella cura di lievi patologie. Verso la fine del Settecento, esso fu trasferito nell'Orto dei Barnabiti, situato nella zona attualmente adibita a mercato coperto. Nel 1810 la sede dell'Orto botanico fu di nuovo trasferita nel terreno attiguo al Palazzo degli Olivetani. Con l'istituzione dell'Istituto Superiore Agrario, oggi Facoltà di Scienze Agrarie, la sede dell'Orto fu ritrasferita nel giardino del Convento dei Benedettini, presso la Basilica di San Pietro. Tale Orto, ha una superficie di circa 6.000 mq, e si prevede che verrà sistemato come Orto storico dedicato alla coltivazione di piante officinali, inserite però in un contesto storico-architettonico.
Istituita la Facoltà di Scienze, intorno ai primi anni '60, si è sentita la necessità di creare un nuovo Orto botanico, come ampliamento del precedente. Allora, in un appezzamento di terreno situato presso la Chiesa di San Costanzo, iniziarono i lavori di sistemazione e parcellazione. Fu realizzato un percorso interno, con piccole stradine lastricate, e - senza trascurare l’estetica - furono create piccole aiuole per allestirvi varie collezioni. L’Orto copre ora una superficie di circa 20.000 mq, e possiede una serra di 700 mq ed un fabbricato adibito ad Uffici ed Aula per le esercitazioni.
