La costruzione della chiesa fu voluta dai padri Olivetani, che iniziarono i lavori nel 1506. Si sa per certo che l’altare - opera del Gagini - fu ultimato prima del 1519 e che sopra di esso stava la bella tela di Raffaello intitolata “Andata al Calvario” o “Spasimo di Sicilia”. Ne uscì una costruzione caratterizzata da una commistione di stili, che vanno dal tardo-gotico al gotico-settentrionale al gotico-fiorito, allo pseudo-arabo. Per l’edificazione del vicino bastione dello Spasimo, l’edificio fu abbandonato nel 1573, quando gli Olivetani si trasferirono nella chiesa normanna di Santo Spirito. Nel 1661 il quadro di Raffaello fu donato a Filippo V, re di Spagna ed oggi si trova al Museo del Prado.
Abbandonata dai frati, la chiesa fu sconsacrata. Fu poi acquistata dal Senato cittadino ed utilizzata dapprima come magazzino, poi - nel 1624 - come lazzaretto e infine ancora come magazzino. Dopo un ampio restauro, il complesso è stato riaperto al pubblico nel 1995. Ora viene utilizzato per mostre, concerti, spettacoli teatrali e convegni.
