La Chiesa di S. Giovanni degli Eremiti sorge nei pressi di Palazzo Reale, e fu eretta nel 1142, per volere di Ruggero II. Essa costituisce un notevole esempio di architettura arabo-normanna della città di Palermo. L’annesso monastero aveva notevoli privilegi: vi risiedeva l’abate confessore del re e - nel suo cimitero - dovevano essere sepolti i membri della famiglia reale.
La Chiesa fu costruita sui resti di precedenti costruzioni: un tempio di Mercurio, un monastero gregoriano del VI secolo, una moschea araba. L’interno mostra una pianta a croce commissa. Sulla navata e sul transetto si innalzano cinque cupole emisferiche di color rosso. Questa struttura è tipica dell’architettura fatimita, cioè araba, e contiene un ricco simbolismo: in effetti, il cubo rappresenta la terra (il profano), mentre la semisfera rappresenta il cielo (il sacro). Del complesso duecentesco rimangono oggi la chiesa, sconsacrata, pochi ruderi del monastero e il chiostro quadrato.