Situata a nord della città, la zona dell’Arcella è nota soprattutto per la sua chiesa-santuario. Questa risale ai primi anni del Duecento e pare sia stata fondata da S. Francesco d’Assisi, di ritorno dalla Terrasanta. All’epoca, era intitolata a Santa Maria de Cela (o de Arcella) e comprendeva un monastero di Clarisse ed un convento di frati minori. È in questo convento che S. Antonio arriverà, gravemente ammalato, e morirà il 13 giugno 1231. La salma fu trasferita alla Basilica del Santo, ma l'Arcella continuò ad essere uno dei luoghi più venerati della città, anche perché - oltre ad Antonio, e nello stesso anno - vi era morta Elena Enselmini, annoverata fra i Patroni minori della città di Padova.
Il Monastero fu danneggiato da un incendio nel 1494-1495, ma fu poi ricostruito. Durante l’assedio di Padova del 1509, l’imperatore Massimiliano d’Asburgo - che comandava le truppe della Lega di Cambrai contro Venezia - fissò nel Monastero il suo quartier generale. Più tardi, quando ci fu la peste, il Monastero fu adibito a lazzaretto. Anche nel Cinquecento il Monastero fu distrutto e ricostruito. Infine - tra il 1674 ed il 1675 - divenne una piccola chiesetta.
Il santuario attuale è un’interessante costruzione neogotica, d’ispirazione francescana. Su progetto di Eugenio Maestri e Nino Gallimberti, fu costruito fra il 1886 ed il 1931. Dall'interno del Santuario si può apprezzare il luminoso volume della cupola, alta quaranta metri. La cella in cui morì Sant’Antonio è semplice ed austera, come l’avrebbe voluta lui: unico ornamento è una statua del Santo morente, opera del Rinaldi (1808).
