Fondato agli inizi del Quattrocento, il complesso di S. Francesco comprende la Chiesa, il Convento - con l’annesso ospedale, aperto nel 1414 e soppresso nel 1798 - e la Scuola di Carità, sede della confraternita dedita.
La Chiesa. Dell'originaria costruzione del 1416 la chiesa conserva il muro esterno e il portico, sui quali è ancora visibile qualche traccia della decorazione pittorica che rappresenta in trentun lunette le storie della vita di S. Francesco. Questa decorazione risale al 1446 ed è opera di Francesco Squarcione, maestro del Mantegna. L'interno è a tre navate, con volte a crociera, separate da colonne e pilastri. Sopra una porta d'ingresso è posto il sarcofago con busto dello scrittore fiorentino Bartolomeo Cavalcanti esule a Padova, ove morì nel 1562. All'interno, numerose sono le opere artistiche di rilievo, tra cui spiccano: una Ascensione, di Paolo Veronese; gli affreschi con Scene della vita di Maria e Personaggi biblici, di Girolamo del Santo; San Francesco stigmatizzato, di Luca Ferrari; un bronzo di Bartolomeo Bellano e Andrea Briosco, dedicato a Pietro Roccabonella; l’Ecce Homo, di Filippo Parodi; la pala di S. Prosdocimo che battezza S. Giustina, di Stefano dell’Arzere; un S. Lorenzo, del Padovanino.
L’ospedale fu aperto nel 1414 e soppresso nel 1798. Vi si sta allestendo il Museo della Medicina. La Scuola di Carità fu sede della confraternita che assisteva i malati poveri e gestiva lasciti ed opere di beneficenza. L’edificio è del 1420 e conserva - nella sala del capitolo - alcuni affreschi di Dario Varotari, che illustrano scene della vita di Maria.
