La piccola Chiesa di S. Clemente, che prospetta su Piazza dei Signori, risale al 1190. La sua posizione tra le grandi piazze padovane ne determinò - oltre alla funzione religiosa - anche a quella di centro e riferimento delle attività artigianali. In effetti, essa è stata sede degli Speziali, degli Orefici e dei Maniscalchi.
L’attuale facciata è scandita da grandi lesene, sovrastate dal timpano su cui si elevano le statue dei SS. Clemente, Giustina e Daniele. La facciata fu costruita alla fine del Cinquecento, quando Venezia decise di ristrutturare la Piazza antistante.
L'interno è a navata unica, con abside quadrata e altari laterali. Tra questi spiccano gli altari dedicati alle antiche “fraglie” artigiane, ossia alle corporazioni degli orefici e dei venditori di prodotti caseari. Notevoli sono anche: la pala secentesca di Luca Ferrari, con l’immagine di San Clemente papa; una tela di Pietro Damini, che rappresenta Gesù che consegna le chiavi a S. Pietro; l’affresco della Madonna con il Bambino, attribuito a Jacopo Bellini; la Predicazione del Battista di Luca Ferrari; un Cristo deposto nel sepolcro, opera di Guido Girello.
