Il Palazzo sorge in Via S. Francesco, in un'area fra le più antiche della città. Recenti scavi per il restauro dell’edificio hanno fornito reperti d’insediamenti abitativi che risalgono all'VIII secolo a.C. e di una casa-laboratorio d’epoca romana.
Non si hanno notizie sui primi proprietari del palazzo, che comunque risulta già costruito alla fine del XII secolo. Di sicuro, fu proprietà dei Da Carrara fino alla fine del Trecento. Gli Zabarella - che, molto probabilmente, acquistarono l’edificio ai primi del Quattrocento - ne mantennero la proprietà per oltre quattro secoli. La famiglia Zabarella, nobile e potente, era annoverata fra le maggiori famiglie padovane. L’esponente principale fu il cardinale Francesco, che svolse un ruolo importante nel delicato periodo - fra il 1390 ed il 1405 - in cui avvenne a Padova il passaggio fra la signoria e la dominazione veneziana. Dell’edificio fu lasciata sostanzialmente immutata la struttura feudale, comprese le merlature e la torre. Il lato su Via S. Francesco fu ritoccato nel Cinquecento, con l'aggiunta di finestre e poggioli di gusto rinascimentale, mentre la facciata fu rifatta in forme neoclassiche solo all’inizio dell’Ottocento, su progetto di Daniele Danieletti. Poco dopo, intorno al 1818-1819, l’interno del Palazzo fu finemente decorato dai pittori Francesco Hayez, Giuseppe Borsato e Giovanni Carlo Bevilacqua. Ai nostri giorni, Palazzo Zabarella è sede della Fondazione omonima, ed ospita numerosi eventi culturali e mostre di rilevanza internazionale.
