La chiesa di S. Agostino fu costruita nel Trecento, nell’area di una “chiesa degli agostiniani” eretta un secolo prima. Subito dopo la morte di Alfonso IV d’Este, nel 1663, l’edificio fu radicalmente trasformato, su progetto di Giovanni Giacomo Monti. La vedova di Alfonso, duchessa Laura Martinozzi, fece ingrandire e riadattare la vecchia chiesa, con l'intento di trasformarla in Pantheon Estense. L’intento non fu realizzato, e come Pantheon Estense fu scelta la chiesa di S. Vincenzo, in Corso Canalgrande, ma la struttura di S. Agostino fu alterata per sempre.
Il tempio è attaccato al Palazzo dei Musei. La facciata è in cotto e solo nella fiancata sinistra conserva qualche traccia dell’originaria chiesa gotica. L'interno privilegia la scenografia e la grandiosità secentesche, accentuate dalla lunga navata unica e dal soffitto a cassettoni, molto decorato con scene e personaggi che esaltano la famiglia degli Estensi. Ampi finestroni filtrano la luce esterna, che crea un’atmosfera raccolta, ravvivata però dalle decorazioni delle cappelle.
Fra le opere conservate nella chiesa, spicca il gruppo in terracotta della Deposizione dalla Croce, realizzato dal Begarelli. Preziosi sono anche l’affresco staccato della Madonna col Bambino, di Tommaso da Modena, la Natività di Maria di E. Setti ed un S. Antonio da Padova di A. Malatesta.
