La chiesa di San Francesco si trova nella piazza omonima, nella parte della seconda cerchia corrispondente all'imboccatura del Rio. L’edificio fu costruito all'inizio del Trecento e testimonia la volontà dei Gonzaga di allargare anche all'antico suburbio i segni del proprio potere: in questa chiesa essi crearono - nel Quattrocento - la cappella di famiglia. Sempre nel Quattrocento, la chiesa fu consacrata al culto e arricchita con le cappelle laterali. In epoca napoleonica, il tempio fu depredato dei suoi tesori artistici e adibito a caserma; l’Austria ne fece un arsenale militare; le bombe della seconda guerra mondiale fecero il resto.
Restaurata dopo gli anni '50, la chiesa presenta in facciata un importante portale sovrastato da un bel rosone. L'interno è diviso in tre navate da archi gotici: vi si trovano ancora alcuni degli affreschi originali, tra cui un San Francesco che riceve le stimmate, opera di Stefano da Verona.
