La chiesa che si può ammirare oggi - e che è una delle più importanti della città - è il rifacimento settecentesco di un edificio risalente alla metà del 1200. Alla fine del Trecento, l’edificio e l’annesso convento furono assegnati da Francesco I Gonzaga all’Ordine dei Serviti. La chiesa fu ristrutturata più volte nel Settecento: nel corso dei lavori furono ritrovate tracce della costruzione preesistente, ma fu dispersa la tomba di Giulio Romano, che si trovava in S. Barnaba fin dal 1546. Il convento fu soppresso con i decreti napoleonici del 1797: la sua struttura fu utilizzata come ospedale, poi come abitazione di religiosi, e infine demolita.
L'interno della chiesa di S. Barnaba è a navata unica, con tre cappelle laterali e una profonda abside. Vi sono custodite importanti opere d’arte, tra cui la Via Crucis attribuita al Bazzani, le tele di Lorenzo Costa il Giovane, del Bonsignori, del Pagni, del Maganza, del Malpizzi e del Ruggeri.
