La presenza dei francescani a Lucca è documentata già nel 1228. Nei primi anni essi occuparono la chiesa di Santa Maria Maddalena, ma ancora nel Duecento iniziarono i lavori di ristrutturazione e di costruzione di un nuovo impianto. Intorno alla nuova grande chiesa - intitolata a San Francesco - e al complesso monastico si sviluppò un vero polo conventuale, al quale si aggiunsero l´oratorio di San Franceschetto (1309), tre chiostri ed altre costruzioni.
La chiesa sorge ad est della città, all’esterno dell’area delle mura duecentesche. L’edificio, molto semplice, molto francescano, è costituito da un’ampia aula, con mura in laterizio, coperta a capriate e terminante in tre cappelle coperte con volta a crociera. La facciata presenta grandi conci di calcare bianco e grigio, disposti in file orizzontali e parallele: il rivestimento calcareo della parte superiore fu completato nel 1930. Il grande portale d´accesso è sovrastato da una lunetta e dal rosone.
All’interno l’apparato decorativo è assai ridotto: si limita ad una serie di cotti decorati presenti nell’abside, occupati nei primi tempi da bacini ceramici. Notevoli sono peraltro alcuni affreschi quattrocenteschi di scuola fiorentina, le arche sepolcrali dei Ricciardi e il monumento Guidiccioni del Civitali.
Nel corso del XIV e XV secolo, furono realizzate nuove cappelle presbiteriali: tradizione vuole che esse siano state volute da Paolo Guinigi, signore di Lucca dal 1400 al 1430. Dopo la soppressione napoleonica, la chiesa fu restituita ai frati minori francescani; nel 1844 l’edificio fu restaurato, ma nel 1868 passò nuovamente al Demanio, e fu adibito a magazzino militare. Nel 1901 il Comune riscattò la chiesa di San Francesco che - nel 1910 - fu riaperta al culto.
