Situato in uno dei più celebri giardini storici, offre un'ampia rassegna di archeologia ligure: il "Principe" e le altre sepolture paleolitiche delle Arene Candide, i corredi della necropoli preromana di Genova, gli scavi delle città romane della Liguria da Luni a Libarna, la "Tavola di Polcevera", la collezione del Principe Odone di Savoia. Nella sala egizia, lo straordinario sarcofago dipinto e la mummia del sacerdote Pasherienaset. Notevole selezione di marmi romani. Da giugno 2004, nuovo percorso dedicato al rapporto fra l'uomo e il mare in Liguria.
