Capolavoro dell’architettura romanica genovese, la chiesa - dedicata a S. Donato, Vescovo martire di Arezzo - è una delle più antiche della città. Alcuni dati storici n’attestano l'esistenza già in epoca longobarda (VII secolo), ma nulla resta a confermare questi dati. Tra le ipotesi avanzate, la più verosimile appare quella per cui la struttura originale risale all’XI secolo, mentre le prime modifiche volte ad ampliare la capienza dell’edificio vengono apportate tra il XII ed il XIII secolo.
Il portale risale al XIII secolo, invece la facciata, il rosone e gli archetti del campanile ottagonale sono molto più recenti (1888). I restauri, le modifiche e le aggiunte del Settecento e dell’Ottocento - specie gli interventi resi necessari dal bombardamento navale francese del 1864 - si sono risolti anche in forti modifiche alla primitiva costruzione: ciononostante, la chiesa conserva, dentro e fuori, l'antica immagine di basilica medievale.
L'interno è a tre navate con due tipi di colonne in granito e in marmo. La navata centrale riporta alcune decorazioni del Canzio. All'interno sono custodite: un San Giuseppe del Piola, alcuni affreschi di Nicolò da Voltri e l'Adorazione dei Magi del fiammingo Joos Van Cleve, ora spostata nella Galleria di Palazzo Spinola. Notevole anche l’edicola barocca con una scultura della Madonna col bambino.
