La Chiesa fu costruita intorno al 1260 dai frati Eremitani di S. Agostino. Successivamente viene sconsacrata ed assiste all'elezione del primo Doge perpetuo, Simon Boccanegra. Lo stile gotico è gotico, con facciata a bande bianche e nere, come si nota in molti altri edifici genovesi. Splendido è il campanile con bifore e quadrifore, ma specialmente significativa è la copertura in maiolica policroma di Albisola. La Chiesa di S. Agostino fu rimaneggiata più volte e abbandonata alla fine del Settecento.
Del complesso originale, comprensivo del monastero e due chiostri, è andato parzialmente perduto il chiostro quadrangolare, mentre resta quello triangolare. Il convento - che oggi si presenta come edificio moderno - ospita dal 1984 l’interessante Museo di Architettura e Scultura Ligure.
