Secondo la tradizione, la chiesa di S. Paolo risale al X secolo. E’ certo che essa fu ricostruita nelle forme attuali dopo il terremoto del 1570, su progetto dall’architetto Alberto Schiatti. A fianco della chiesa esiste ancora l’ex convento, con due eleganti chiostri.
L’interno del tempio conserva affreschi e pregevoli dipinti di vari secoli, soprattutto dal XVI al XVII: per questo motivo, la chiesa è considerata un “museo” degli artisti ferraresi del tardo Rinascimento. Nella navata sinistra spiccano,in particolare: La discesa dello Spirito Santo dello Scarsellino, nonché La Resurrezione e La Circoncisione del Bastianino. Nella navata destra si possono ammirare: La nascita di San Giovanni Battista di Scarsellino, e L’Annunciazione di Bastianino. Nel transetto destro, sotto l’organo, è il San Girolamo di Girolamo da Carpi. Di Domenico Mona sono L’adorazione dei Magi dietro l’altar maggiore e La conversione e La decollazione di San Paolo, ai lati del presbiterio. Nel catino absidale si ammira Il ratto di Elia, di Scarsellino, un affresco che aprì una nuova stagione nella pittura italiana.
A seguito di alcuni saggi sulla parete est del primo chiostro, nel corso dei primi anni Novanta, sono venuti in luce vari affreschi della vecchia Chiesa di San Paolo, miracolosamente sopravvissuti al terremoto e quindi alla ricostruzione del 1570. Le opere sono visibili da alcuni spazi di risulta, posti dietro alle cappelle absidali della navata destra.
