Voluta dal Duca Ercole I d’Este, la chiesa di S. Francesco è stata eretta nel 1594, sopra un preesistente complesso francescano. L’edificio sorge in Via Terranova ed è considerato uno dei capolavori del grande architetto Biagio Rossetti. La bella facciata in mattoni, che si affaccia su un ampio piazzale, è scandita da lesene in marmo e cotto e da ampie volte laterali.
L’interno è a croce latina, e presenta tre navate, con otto cappelle per lato. Il colpo d’occhio ispira solennità ed un senso di grande armonia per il gioco delle masse e per le perfette proporzioni geometriche, di puro stampo rinascimentale. Nella prima cappella di sinistra, spicca il prezioso affresco La cattura di Cristo del Garofalo (1524). Sul vicino altare si trova il Cristo nell’orto del Getsemani, raro esempio di ancona scolpita in pietra, con a fianco i ritratti dei donatori. Il transetto di destra ospita l’imponente mausoleo barocco del marchese Ghiron Francesco Villa, mentre in quello di sinistra si può ammirare un magnifico sarcofago del V secolo. Dietro l’altar maggiore è collocato un grande trittico del 1580-1583, opera di Domenico Mona: Resurrezione, Ascensione e Deposizione.
