La chiesa dedicata a S. Carlo fu eretta fra il 1612 ed il 1623 sull'area di un antico oratorio distrutto. Edificata su progetto di Giovan Battista Aleotti, essa costituisce uno degli esempi più significativi di architettura barocca ferrarese.
La facciata è scandita da due doppie colonne sostenenti un architrave. Questo è sormontato da un timpano triangolare e da quattro nicchie - con le statue di S. Carlo Borromeo, S. Antonio da Padova, S. Ambrogio e S. Agostino - e da un portale arricchito con un bel timpano, spezzato da uno stemma gentilizio retto da angeli. L'effetto dei chiaroscuri dà all'insieme un aspetto imponente, nonostante le ridotte dimensioni.
L'interno è a pianta ellittica e presenta due grandi cappelle rettangolari ed un'abside semicircolare. Statue colossali di santi si trovano entro nicchie a forma di conchiglia. Sul soffitto si nota un elegante affresco del 1674, opera del pittore Giuseppe Avanzi. Notevole è la bellissima tela del Torricelli raffigurante San Carlo Borromeo. Sull'altare, l'Ostia del Santissimo Sacramento è sempre esposta.
