Il Museo Archeologico Nazionale ha sede nel Palazzo Costabili, tradizionalmente attribuito a Ludovico Sforza, detto il Moro, signore di Milano. Il palazzo fu costruito tra la fine del Quattrocento e i primi anni del Cinquecento. L'edificio fu acquistato dallo Stato nel 1920. Inaugurato il 28 ottobre 1935, il Museo ospita ed espone i reperti provenienti dalle due necropoli di Spina - città Etrusca nel territorio di Comacchio - in cui sono state scavate oltre 4000 tombe, e portato alla luce il più ricco corredo esistente al mondo per la produzione di ceramica attica prodotta tra il 480 ed il 400 a.C.
Spina - grande emporio commerciale dal VI al III secolo a.C. - già in epoca antica era scomparsa fra le acque del delta padano. Per secoli essa rimase avvolta nella leggenda, finché, all’inizio del Novecento, lavori di bonifica della zona portarono alla luce le prime necropoli. Nella seconda metà del Novecento si è individuata l’ubicazione del centro abitato. L'abbondanza di corredi di provenienza ateniese ed attica testimoniano i legami culturali che la città aveva con la Grecia: gli stessi Greci consideravano gli abitanti di Spina come propri connazionali.
I reperti spinetici esposti nel Museo occupano l'ala orientale del piano nobile, alla quale si accede salendo uno scalone monumentale. I ricchi corredi funerari esposti nelle vetrine sono costituiti principalmente da vasi attici a figure rosse del V sec. provenienti da Atene. Gli oggetti esposti sono suddivisi per corredo o raggruppati secondo la provenienza. Di notevole interesse sono i ricchi corredi funerari, costituiti principalmente da grandi vasi attici a figure rosse del V secolo a.C., provenienti da Atene, con bellissime scene di vita quotidiana o racconti mitologici. Spiccano poi la raffinata Kylix del pittore di Pentesilea, anfore decorate con motivi di leoni e leonesse, grandi crateri di diverse forme che raccontano il mito di Dioniso, la conquista di Troia, il rapimento di Teti.
Numerosi oggetti in bronzo testimoniano i rapporti commerciali di Spina con l'Etruria Centrale: tripodi finemente lavorati, come ad esempio il tripode vulcente della tomba 128; candelabri e cimase con figure di danzatrici o giovani guerrieri. Lekytos di diverse forme, balsamari in ceramica e in vetro, preziosi gioielli in oro (diademi, anelli, collane) riportano ai piccoli gesti quotidiani per la cura e l'ornamento del corpo. Numerosi sono anche gli oggetti d’uso comune, tra cui piatti, ciotole, contenitori per l’olio, dadi in osso e pietra. Interessanti sono anche le ceramiche alto adriatiche, prodotte localmente quando cessarono i rapporti commerciali con la Grecia.