La chiesa fu fondata nella seconda metà del sec. XIII dalla confraternita dei Battuti di S. Maria della Vita. Questa confraternita era una delle prime sorte in Italia sull'onda del movimento dei Disciplinati, fiorito nel 1260 a Perugia per impulso di Raniero Fusani. Accanto alla pratica della flagellazione, i suoi membri provvedevano ad assistere i pellegrini e i malati nell'attiguo ospedale, oggi scomparso.
Una chiesa a tre navate sarebbe stata costruita verso la metà del secolo XV, poi il sacro edificio crollò nel 1686 e la chiesa attuale fu iniziata l’anno seguente su disegno di fra Giovan Battista Bergonzoni del Terzo Ordine di S. F., ma solo nel 1784 fu coronata, su disegno di Antonio Galli Bibiena, della grande cupola verde, ornata internamente di sculture dell’Acquisti.
La chiesa - cui spetta il titolo di santuario - fu ampliata fra il 1454 e il 1502 e ricostruita alla fine del sec. XVII su progetto di Fra’ Giovan Battista Bergonzoni, dopo un rovinoso crollo del soffitto avvenuto nel 1686. Molto più tardi, nel 1787, la chiesa fu coronata con la grande cupola verde disegnata da Giuseppe Tubertini e ornata internamente con statue dell’Acquisti.
Di linee eleganti e ariose l'interno, su pianta ellittica, ove si ammira il famoso gruppo plastico della Pietà. Questo gruppo, modellato nella seconda metà del Quattrocento da Nicolò dell’Arca, è uno dei più vigorosi ed espressivi capolavori della scultura italiana. Sull'altare maggiore l'affresco della Madonna della Vita, della seconda metà del sec. XIV.
