La chiesa di San Francesco è sorta per volontà della comunità francescana bolognese ed è uno dei luoghi di culto più monumentali di Bologna. La costruzione ebbe inizio nel 1236 e si concluse, nelle parti essenziali, verso il 1263. Pian piano le crebbero attorno una fioritura di cappelle, quindi la sagrestia (su disegno di Antonio di Vincenzo ), e poi il campanile grande. La chiesa fu sconsacrata dai Francesi nel 1798 e ridotta a Dogana, ritornò al culto nel 1886 e fu restaurata nel 1928, fu bombardata nel corso della seconda guerra mondiale.
La facciata è in stile romanico; tuttavia, la chiesa di S. Francesco è la costruzione italiana in cui si riflettono con maggiore fedeltà le forme gotiche francesi. Grandioso è l’interno a tre navate, con archi ogivali e volte a vela. Sull’altar maggiore, grand'ancona marmorea di Pier Paolo delle Masegne e allievi (1392). Lungo il fianco meridionale della chiesa si snoda il Chiostro dei Morti, della fine del Trecento, in cui sono numerose tombe di rettori dello Studio. All’esterno, dietro l’abside ci sono le tombe di tre glossatori, studiosi del diritto che negli Studi medievali commentavano le opere dei giuristi romani. Delle quattordici tombe che sorgevano a Bologna, ne sono rimaste solo cinque (le altre due sono in Piazza S. Domenico). Quella più a sud è di Accursio (+ 1258) e del figlio Francesco: il primo venne a Bologna per studiare il diritto ed acquistò fama e ricchezza con l’insegnamento. La tomba al centro è di Odofredo (+1265) e la terza di Rolandino Romanzi.
