Il complesso di Santo Spirito si trova in Via Pignolo ed è di origine trecentesca. Nel 1475, i Canonici Lateranensi - succeduti ai frati Celestini - iniziarono una imponente opera di ristrutturazione della chiesa e del convento. La grande navata fu costruita dal 1530 al 1535, su progetto di Pietro Isabello, mentre l'ordine superiore, sopra la trabeazione, è opera settecentesca di G.B. Caniana.
La facciata a rustico è rimasta incompiuta: vi si notano tracce della chiesa gotica del Trecento. dell'intervento rinascimentale e di quello del Settecento. Al centro della facciata si staglia la scultura in bronzo di Francesco Somaini (1971) che rappresenta la Discesa dello Spirito Santo.
Fra le opere d’arte conservate nella chiesa, oltre ai due polittici, rispettivamente del Bergognone e del Previtali, si ammira in particolare la cosiddetta Pala di Santo Spirito, ossia la Madonna in Trono e Santi, dipinta da Lorenzo Lotto nel 1521. Ordinata dagli Angelini - ricca famiglia di mercanti in Borgo Pignolo - la Pala rappresenta la Madonna in Trono, sotto un coro di angeli, tra i Santi Barbara, Agostino, Sebastiano e Antonio Abate; alla base del trono è San Giovannino che abbraccia l'agnello.
Questa pala è coeva a quella di San Bernardino, ma le due opere hanno carattere molto diverso: mentre la Pala di San Bernardino denota l'animarsi di un dialogo intenso e umano, qui i santi sembrano immersi ciascuno nei propri pensieri o in una comunicazione riservata alla Vergine, che dal canto suo pare isolarsi, forse presagendo il tragico destino del Figlio.