Della chiesetta di San Bernardino si hanno poche notizie. L’edificio risale probabilmente alla fine del Quattrocento, mentre è accertato che nel 1511 l’architetto Isabello realizzò una cappella e che la chiesa fu consacrata nel 1593. Era frequentata dai Disciplini bergamaschi, che esercitavano la pietà e la flagellazione collettiva, e che erano conosciuti come la confraternita dei Bernardinelli. Tale confraternita fu sciolta ai primi dell’Ottocento. Nel 1876 l’edificio subì una radicale trasformazione.
La chiesa conserva numerosi dipinti del Cavagna, una Madonna in trono col bambino, probabile opera del Previstali, ma, soprattutto, la Madonna in trono con Gesù Bambino, san Giuseppe, san Bernardino, san Giovanni Battista e sant’Antonio abate, pala stupenda di Lorenzo Lotto. La pala è considerata una delle opere migliori di Lotto. In essa “il tradizionale assetto compositivo delle pale d'altare si tramuta in un'animata scena di gruppo, dall'andamento libero e fluente. La Vergine, che protende in avanti il braccio, sembra rispondere alle richieste del San Bernardino sulla sinistra e invita a far annotare le domande di grazia dall'angelo in ginocchio, il quale a sua volta si rivolge direttamente all'osservatore e lo include nello spazio sacro.”