Fu costruito alla fine del XIII secolo, su un’area donata dalle potenti famiglie Bonghi e Suardi. Considerato “un esempio pregevole di architettura conventuale medievale”, il complesso era costituito: dalla chiesa, dedicata a S. Francesco, da tre chiostri e da un edificio a tre piani che costituiva il convento. Il maggiore dei chiostri è chiamato Chiostro delle Arche perché contiene molti sepolcri delle famiglie nobili di Bergamo. Questa parte del complesso è decorata con affreschi, deteriorati dal tempo, ma ancora visibili: i più antichi risalgono al Trecento. Il secondo chiostro, denominato Chiostro del Pozzo, ha forma quadrata ed è situato ad un livello inferiore: attorno ad esso si trovavano, su due piani, i servizi del convento (cucina, stalle, granai), nonché il refettorio, i dormitori, la biblioteca e l'infermeria. Del terzo chiostro non resta che il perimetro.
Il convento fu soppresso dai decreti francesi di fine Settecento, e adibito prima ad ospedale, poi a carcere. Restaurato nel Novecento, ospitò una scuola elementare e - durante la seconda guerra mondiale - fu sede della Guardia nazionale repubblicana. A fine secolo fu per qualche anno sede della sezione ottocentesca del Museo storico della città di Bergamo; ora ospita mostre temporanee e alcuni uffici del Museo Storico-Fondazione Bergamo nella Storia.
