La costruzione del complesso di S. Agostino fu voluta dall’ordine degli Eremitani verso la fine del Duecento. La consacrazione della chiesa avvenne nel 1347. E’ certo poi che - a partire dal 1410 - gli Osservanti regolari di Sant’Agostino rimaneggiarono tutto il complesso e ricostruirono la chiesa. Si ritiene che questa fosse completata intorno al 1476, quando - con la partecipazione di Alvise Vivarini - sono ultimati gli affreschi e la decorazione del soffitto ligneo.
L’esterno si caratterizza per la quattrocentesca facciata in stile tardogotico, opera del Castagneta, slanciata in altezza da due grandi finestre a quadrifore. Sopra il portale con arco a tutto sesto sta un piccolo rosone, mentre in alto campeggia una statua in marmo di S. Agostino. L’interno presenta una struttura a navata unica. Il tetto è a falde, e l’intradosso è decorato ad emblemi e figure. Le cappelle laterali risalgono ai primi del Cinquecento e furono decorate in seguito.
Il convento si sviluppa intorno a due chiostri del Cinquecento: sul portico del chiostro minore vi son tracce di affreschi del XIV secolo. Con i decreti napoleonici del 1797 il convento fu soppresso e utilizzato come caserma. Restaurato nel Novecento, esso ospita mostre e manifestazioni. Recentemente vi si è insediata la Facoltà di Lettere dell’Università degli studi di Bergamo.
