Scopi fondamentali del museo sono: rendere omaggio a S. Francesco, che ha ispirato innumerevoli opere d’arte, e testimoniare che i Frati Minori Francescani utilizzano l’arte come strumento di evangelizzazione. Il Museo si articola in cinque sale e contiene opere di grande interesse artistico, che portano la firma di G. Ottavini, L. Ferrata, P.D. Ferrero, A. Schiavi, R. Joppolo, G. De Chirico, U. Mastroianni, G. Bruschi, E. Volpi ed altri.
