Fondato nel 1941 ed ospitato in sale attigue alla Cattedrale di San Rufino (1140) in Assisi, il “Museo capitolare”, permette una lettura della storia spirituale e culturale della diocesi e della città, secondo un arco temporale dal paleocristiano ad oggi. Raccoglie al suo interno reperti archeologici, capitelli, tele, tavole e suppellettile ecclesiastica. Le opere più significative sono: gli affreschi di Puccio Capanna con la Flagellazione, la Crocifissione e la Deposizione nel sepolcro (1347); il polittico con la Madonna con Gesù Bambino in trono e i Santi e le Storie di San Rufino (1470) di Nicolò di Liberatore detto l’Alunno; Inoltre, l’ingresso al Museo comprende la visita della Cripta di San Rufino(XI secolo), suggestivo ambiente posto sotto la facciata della Cattedrale, con affreschi del XII secolo e il sarcofago romano (III secolo d. C.) che servì da sepolcro a San Rufino.
