Ubicata fuori dal recinto di mura, la chiesa di Santa Maria Maggiore fu edificata nel X secolo, sopra un tempio cristiano. Questo tempio era stato ricavato, a sua volta, da un edificio di culto romano, eretto in onore di Apollo. Avanzi romani sono visibili nella cripta, in modo particolare capitelli e muri. Della stessa epoca sono anche alcuni affreschi, purtroppo assai sbiaditi. La chiesa di S. Maria Maggiore fu cattedrale di Assisi sino al 1036, quando il titolo fu trasferito alla Chiesa di San Rufino.
La facciata ha due ingressi, è in pietra e si presenta disadorna, a parte le due fasce verticali e il grazioso rosone centrale. Un’iscrizione del 1163 documenta la riedificazione effettuata in quell’anno. La chiesa è stata ristrutturata nel sec. XII e come tale si presenta oggi. Il campanile è romanico-gotico ed è stato innalzato nel Trecento. Nel tempio è stato battezzato San Francesco.
Vicino all’ingresso, sulla destra, troneggia un sarcofago tardo-medievale che risale al IX secolo. L'interno della chiesa è a tre navate. Nelle navate, nell’abside semicircolare e nella sacrestia affiorano resti di affreschi del XIV e del XV secolo: tra questi, una Pietà, opera forse di Tiberio d’Assisi, e alcune opere di Pace di Bartolo. Forse, in antico, l’interno era completamente affrescato.
Sotto il presbiterio si trova la cripta della chiesa preesistente, e da qui si può accedere al sotterraneo, che conserva i resti di una casa romana, la cosiddetta Casa di Properzio, con pareti e pavimenti decorati. Dal giardino adiacente, si possono ancora vedere i resti - abbastanza ben conservati - di un tratto dell’antica cinta muraria romana.
