Con il contributo di re Filippo III di Spagna, la Chiesa Nuova è stata costruita nel 1615, poco distante dalla Piazza del Comune. Si ritiene, fondatamente, che essa sia stata eretta sui ruderi della casa di Pietro di Bernardone, padre di S. Francesco. La costruzione è in stile rinascimentale e si presenta elegante, a croce greca, con una cupola centrale e una cupola più piccola su ciascuno dei quattro rami. Il progetto è di frate Rufino da Cerchiara, ed è chiaramente ispirato a quello - disegnato da Raffaello - di Sant’Eligio degli Orafi in Roma. Sotto il profilo artistico e architettonico, l’edificio è poco rilevante: la sua importanza sta nel fatto che il luogo è pervaso dalla poesia francescana, quindi si trova sul cosiddetto “percorso francescano”. Ancora visibili sono il sottoscala in cui Francesco - adolescente - era posto in castigo dal padre severo; il fondaco in cui Bernardone esercitava i suoi commerci, aiutato per qualche tempo dal figlio; un gruppo di quattro porte, la maggiore delle quali sembra sia stata la porta d’ingresso della casa paterna del Santo; la camera da letto, in cui Francesco avrebbe avuto delle visioni. Nei pressi dalla chiesa, si trova la piccola stalla ove - secondo la leggenda - si sarebbe rifugiata Madonna Pica, per partorire Francesco, obbedendo ad un’ispirazione divina. Nella piazza antistante la chiesa sorge un gruppo marmoreo che raffigura i genitori di Francesco, opera recente di R. Joppolo (1984).
Il convento, annesso alla chiesa, ospita un ricco Museo francescano e un’importante biblioteca.
